La Hermandad se funda en 1948, en la parroquia de San Sebastián. Nace como Ilustre Cofradía del Prendimiento y Nuestra Señora de la Merced aunque es conocida como 'Cofradía de Excautivos'. Las primeras Reglas son aprobadas el 22 de enero de 1948 a instancias de la Delegación Nacional de Excautivos, que si bien ya mostró intención de organizar la Hermandad varios años antes, no pudo hacerlo hasta finales de la década de los cuarenta. La situación económica del momento condiciona su nacimiento hasta el extremo de que es el gobernador civil Manuel Urbina Carrera quien aporta la cantidad necesaria para la realización del misterio titular. 15.000 pesetas para un grupo escultórico que salió del taller de Perceval y que fue bendecido el Miércoles Santo de 1948, aunque la cofradía no pudo salir como tal ese año y el paso lo hizo integrado en el cortejo de la Hermandad de los Estudiantes esa misma noche.Ya desde su mismo nacimiento queda de manifiesto el devenir de esta primera etapa de la Hermandad, caracterizado por asemejarse a unos dientes de sierra, con enormes altibajos. A fuertes desembolsos económicos y salidas no exentas de brillantez en la composición del cortejo siguen años de decaimiento de los que se sobrepone rápidamente iniciando nuevamente el ciclo que caracteriza y marca esta primera etapa. Esto propicia, además de que las salidas se realicen de manera intermitente, que tampoco se hagan el mismo día. Unos años lo hará el Martes, otros el Miércoles (día mayoritario) y, otros, el Jueves Santo. La lluvia la dejará otras veces en la iglesia y una precaria situación económica hará que otras tantas salga sólo alguno de los pasos y, encima, integrado en el cortejo de otra cofradía. Esto ocurrió algunas veces con los Estudiantes, con el Amor o con el Silencio. Estos 30 primeros años son, como decimos, de una enorme inestabilidad. La primera década es de una robustez considerable: en los 50 se adquiere la imagen del Cautivo, se encarga la de la Virgen de la Merced, se realizan nuevos pasos y comienza el bordado del manto blanco que sustituirá al primitivo, celeste, y se consigue sacar tres pasos pero a la siguiente ya deja de salir uno de esos pasos (el de San Pedro y Malco) y llegan los años en los que se tiene que suspender la salida; unas veces por falta de dinero (1966 y 1967) y otras por inclemencias meteorológicas (1968). En 1969 vuelve a salir al cofradía y en 1970 lo hace sólo el Cautivo (el Jueves Santo) a lo que siguió un periodo de decaimiento extremo en el que salvo las imágenes titulares, prácticamente todos los demás enseres desaparecen. En la década de los sesenta y en la de los setenta la cofradía de Excautivos había dejado de existir; aunque la gobernaban, prácticamente, los hijos de los fundadores había dejado de funcionar como hermandad, reuniéndose los pocos hermanos que quedaban para sacar las imágenes en Semana Santa y nada más.
En 1977 se reorganiza la Hermandad, obteniéndose la erección canónica en la Catedral. Al frente de esta nueva etapa se encuentra un grupo de jóvenes que no tiene ninguna vinculación con los dirigentes de la etapa anterior. El primer Hermano mayor de esta nueva época es Juan Antonio Barrios Fenoy que, no obstante, cuenta con la colaboración de Arnoldo Rodríguez, último Hermano mayor de la primera etapa y de Resi Lussnigg Arjona, Camarera mayor. No son pocos los esfuerzos para reorganizarla y recuperar algunas de las piezas del patrimonio de la Hermandad, en mano de las familias de los antiguos rectores. No obstante se consigue recuperar algunos enseres y documentos. Esta nueva etapa coincide con la de mayor esplendor en la historia de la Hermandad, cuya vida interna queda regularizada y se extiende a lo largo de todo el año.
Se encargan nuevas imagenes que van sustituyendo paulatinamente a las anteriores y se proyectan y diseñan nuevos pasos y enseres tanto para el Prendimiento,
para el Cautivo como para la Merced. A la normalización de la vida interna ayuda la ampliación de los cultos, cuya celebración se extienden ya de enero a diciembre. Se apuesta por actividades novedosas en la Hermandad como los pregones (desde 1990) y nacen iniciativas encaminadas a mantener una comunicación con los hermanos como el boletín (1989), la web (2005) o los perfiles en Facebook (2010) y Tuenti (2011), frentes todos ellos aún abiertos y con magníficos resultados de cara a la comunicación con los hermanos. Se mantiene relación con otras hermandades a las que se llega a amadrinar en acontecimientos importantes de su historia llegando a producirse, incluso, hermanamientos con corporaciones de otras localidades o con cuerpos militares.
En 1996 tiene lugar un incendio en el interior de la Catedral; la madrugada del Jueves Santo, a las pocas horas de recogerse la cofradía, un incendio destruye dos de los tres pasos de la Hermandad perdiéndose en él las imágenes de la Virgen de la Merced y la de Jesús Cautivo, viéndose mermado considerablemente el patrimonio. Aquel incendio en la madrugada del 4 de abril afectó también a las otras Hermandades de la Catedral y dañó al propio templo, de ahí que en 1999 comenzara la restauración de la parte más afectada y se aprovechase para cambiar la solería. Por tal motivo, la Hermandad buscó acomodo en el cercano convento de las Claras (del 5 de septiembre de 1999 al 11 de marzo de 2000) por lo que se decidió nombrar Hermanas de honor a las Reverendas madres Clarisas. En este apartado de nombramientos cabe señalar el que se produjo el 22 de enero de 1983, cuando se concede a Sus Majestades los Reyes de España, D. Juan Carlos I de Borbón y Dña. Sofía de Grecia el nombramiento de Hermano Mayor y Camarera Mayor Honorarios, título honorífico que comparten con otros hermanos destacados. El 20 de septiembre de 1996, gracias a la gestión de N.H. el Teniente Coronel Francisco Nieto Villegas (q.s.G.g.) la Junta de gobierno en pleno es recibida en audicencia privada por sus Majestades los Reyes en el Campamento 'Alvarez de Sotomayor', en Viator.
Los primeros casi veinte años en la Catedral las imágenes permanecen expuestas en una capilla del lado de la Epístola, llamada ahora de los mártires hasta que en 1994 concluyen las obras de rehabilitación de la entonces parroquia del Sagrario que acomete y sufraga la Hermandad y los Titulares pasan a presidirla. Primero la Virgen de la Merced y, desde hace unos años, es Nuestro Padre Jesús en su Prendimiento quien lo hace.
En la Semana Santa de 2002 se produce la primera de las dos más importante revoluciones estéticas de la cofradía; tras más de veinte años cerrando la jornada del Miércoles Santo se pasa a ocupar el primer puesto del día. Ese año la Cruz de guía se pone en la calle a las 18:15 horas siendo recibida por la luz del sol en una estampa inédita hasta entonces en la historia de la Hermandad. Dos años más tarde (en 2004) se cambian las túnicas. Tras un proceso de casi tres años los hermanos aprueban en diferentes cabildos, primero, el cambio y, luego, el modelo definitivo, presentándose la cofradía en la calle con un nuevo hábito el Miércoles Santo de 2004.
En 2005 procesiona por primera vez el nuevo paso de misterio de Ntro Padre Jesús en su Prendimiento, obra del tallista sevillano Francisco Verdugo, con imaginería y cartelas de Fernando Murciano Abad, supone un gran cambio estético en el misterio ya que también se lleva a cabo la replanteación de la escena iconográfica.
En 2007 la Hermandad inicia las obras de restauración de su casa de hermandad, inmueble en Plaza Bendicho número 13 que adquiera en propiedad en 1995 y tras acometer el proyecto del prestigioso arquitecto Ramón de Torres con un gran esfuerzo ecónomico por parte de la Hermandad se consigue devolver el aspecto original de la casa palacio que data de finales del XVII. Pasan cinco años hasta que el 14 de Mayo de 2011 es bendecida y abierta al público para deleite y disfrute de los visitantes ya que además del valor del edificio se habilitó el Museo Sacerdote Fernando Berruezo donde se exponen los enseres que procesionan cada Miércoles Santo.
